De archipel is een van de meest geïsoleerde bestemmingen ter wereld, met stomende natuurlijke warmwaterbronnen, riffen, meren en lavabuizen. Ze omvatten een aantal dramatische zwarte zandstranden en tevens Europa’s grootste beschermde zeereservaat (2024) die de getijdezone rond de eilanden tot en met de abyssale vlaktes omvat, met daarbinnen diepzee koralen, meer dan 450 (!) vissoorten uit meer dan 140 families, haaien, schildpadden, walvissen en dolfijnen. Kortom, ook een gebied met een grote marine, vulkanisch georiënteerde biodiversiteit.
"Dit deel van de Atlantische oceaan biedt dolfijnen en walvissen met zijn rijke visgronden een voedzame omgeving en een beschermde plek waar de dieren hun jongen ter wereld kunnen brengen dicht tegen de eilanden aan."
Tot het verbod in 1987 was er op Pico nog commerciële walvisvangst. Walvissen en dolfijnen zijn sinds die tijd vooral als toeristische trekpleister in belang gegroeid. Een deel van de geschiedenis is in de havenplaats São Roque nu geconserveerd als walvismuseum. De originele houten boten worden inmiddels gebruikt voor regatta's, waar iedereen aan mee kan doen.
Het beste seizoen met de meeste kans op het spotten van walvissen is tussen mei en oktober, met name rond Faial en Pico. Dit deel van de Atlantische oceaan biedt dolfijnen en walvissen met zijn rijke visgronden een voedzame omgeving en een beschermde plek waar de dieren hun jongen ter wereld kunnen brengen dicht tegen de eilanden aan. Alles bij elkaar komen er komen wel 25 soorten voor. Er wordt op de eilanden ook onderzoek gedaan, o.a. naar risso dolfijnen en bruinvissen (verwant met de beluga en narwal).
Daarnaast zijn er zijn vele soorten (voornamelijk trek)vogels, waarvan er meer dan 30 de archipel gebruiken als broedplaats, zowel rond de kust en kliffen alsook in de laurierbossen meer in het binnenland.
En wellicht wat minder tot de verbeelding sprekend, er is ook nog allerlei bijzonder ander leven te vinden, waaronder diverse week- (Gastropoda) en schaaldieren (Crustacea), insecten als spinachtigen (Arachnida) en duizendpotigen (Chilopoda).
